台灣的農業技術在世界上是首屈一指，無論是畜、禽、漁的養殖，或是蔬、果、禾的改良，都不容小覷。近年來更強力注入高科技生物技術在農業領域，從土地、飼料等基礎改良技術做起，再加強非化藥式的動植物疾病防治技術開發，以食的安全為出發點，以農業永續發展為目標，朝綠色矽島、無毒農業島的永續經營目標而努力。根據聯合國調查，現在全球已經有72億人口，到了2050年，全球人口很可能會超過90億，糧食短缺，將會是全球各國面臨的難題。全球種子、農藥、化肥市場多已被歐美大廠佔有，突破不易且利潤不高，為此台灣農業生技業者選擇了下述幾個重點發展領域：動物用疫苗關鍵生物技術、生物性肥料關鍵生物技術、土地優化及立體種植關鍵生物技術、食品檢測診斷關鍵生物技術。
隨著全世界人口快速增加，畜禽產品越來越高的需求，畜禽飼養都朝密集化發展，因此提高疾病發生率以及藥物用量，進而影響了食品安全。另外寵物的飼養也隨著經濟發展而日益上升，動物疫苗成為維護動物健康的重要方法。2010 年全球動物用疫苗市場規模為42.3 億美元，其中以豬用疫苗為最大宗，占10 億美元，並預計至2015年豬用疫苗市場規模會成長至13.2 億美元，年複合成長率為5.7%。寵物犬貓疫苗則共約20億美元。臺灣出口疫苗以禽用、豬用為主，禽用疫苗以雞新城病、家禽霍亂、雞痘等疫苗為主，豬用疫苗則以豬瘟、豬萎縮性鼻炎、巴氏桿菌等疫苗為主，主要出口廠商為高生製藥股份有限公司（2012 年底已被施懷哲維克生物科技股份有限公司併購）及大豐疫苗科技股份有限公司。臺灣整體動物用疫苗國內生產比重約為16%，2012年出口金額為5千萬元，進口卻有10億元之譜，可見發展國內自產疫苗是刻不容緩的。現在國內共有七家動物用疫苗製造廠，生產11種常用疫苗。各大廠也不斷投入創新，如大豐疫苗科技技轉動科所研發的豬肺炎黴漿菌不活化疫苗；高生製藥技轉中興大學的豬萎縮性鼻炎重組次單位疫苗技轉，兩者亦皆授權國際大廠台灣拜耳進行全球行銷。瑞寶基因公司技轉動科所的豬用PE-PRRS次單位疫苗並已取得臺灣動物用藥品許可證，且於2012年5月份正式上市，2014年開始外銷。
動物高密度養殖，植物也是高密度、且高循環的種植，為了產量不得不大量使用肥料及農藥，不給土地休養的時間，以致土地酸化、鹽化、貧瘠化，最終將無地可種。解決的方法就是盡量減少化學物的使用，以有機肥料取代化肥，讓土壤增加有機質；輔佐以土地菌種改良，分解過多的鹽類及藥物；適時的輪作或休耕，讓土地休息，這樣才能回復地力，達到永續經營的目的。有機肥原料主要來自於廚餘、養殖排泄物、農作廢棄物、以及煤礦腐植土，這些物質都無法直接使用，需要經過特定細菌的分解才能使用，而菌種的挑選及操作是成敗的關鍵。台灣在這方面已有不錯的基礎，尤其是DCB及食品所這2,30年已經都累積了相當的能量，同時部分以技轉到民間公司。現在先進國家對於農用生物製劑的使用已漸漸提升，2011年全球有13億美元（北美占40％），預期2017年可達32億美元，複合年成長率15.8%成長，歐洲可望成為生物農藥發展最快的市場。國內農業生物製劑和農用菌種的發展正積極追上世界水準，其中百泰生物科技，其生產的動植物用菌種產品以外銷10國，並且與全球最大的化學農藥廠拜爾成為合作夥伴，另一方面積極開發化製礦物腐植酸專用的菌種。環球胜肽開發特殊菌種，降解大豆蛋白生產具特殊生理功能的小分子胜肽，作為飼料添加劑提升瘦肉率、免疫力，可減少用藥及提高飼料換肉率。另外這些小分子胜肽還可以做植物的葉面肥，明顯促進植物開花結果抵抗病蟲害。
食安問題已成為顯學，因此造就食品檢驗的市場。這個市場可分為原料檢驗、成品檢驗兩大塊，檢驗的標的在原料端多放在來源正當性及真實性、農藥殘留、抗生素殘留、重金屬餐留殘、致病菌等方面；成品端除上述檢驗外，還特別注意非法添加物、偽劣造假等等。由於方向廣泛技術複雜，非一間公司能完全做到，因此各有個的強項。舉例如台灣尖端先進是經濟部在台灣所成立的第一家生物技術公司，專注於間件開發，相關系列產品（氯黴素、乙型受體素、喹諾酮、磺胺藥、硝基呋喃、三聚氰胺、鏈黴素）等藥物殘留檢測試等。晶宇生物科技主要以生物晶片為主，產品針對重要的食品病原微生物，包括金黃色葡萄球菌、沙門氏菌、大腸桿菌O157:H7、痢疾志賀氏桿菌、李斯特單胞菌、臘樣芽狀桿菌、耶爾辛氏腸炎菌、弧菌屬、產氣莢膜桿菌及彎曲桿菌等，可以快速準確的偵測出標的微生物。
台灣農業技術的競爭優勢是存在的，無論是品種選育、有機栽培技術、立體機栽培技術、廢棄物處理技術、次單位疫苗及基因檢測技術等，都可以站上國際市場，欠缺的是伯樂將這些技術帶到國際市場。現在全球都存在糧食供給不足、農業廢棄物污染及食品安全有疑慮等戰略性問題，是否能借助台灣優秀的技術及全球的龐大市場潛力，解決現今的糧食供給問題、農業廢棄物污染問題及食品安全問題等燃眉之急，就要靠大家的力量，一起為台灣農業生技加一把力，為台灣經濟加油也為全球食品安全加油。